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気管支嚢胞の症状は年齢によって違います。幼児から小児では呼吸器症状が強く出現し、ときに死亡することもあります。成人では無症状のことが多く、胸部の画像検査で偶然発見されることが多いです。
嚢胞の中に感染を起こした場合は、発熱、咳や膿性痰、胸痛を認めます。喀血や血痰がみられることもあります。縦隔にできた嚢胞が大きくなり気管を圧迫すると、気道を狭窄して喘鳴や呼吸困難の症状がみられます。
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気管支嚢胞