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顎骨骨髄炎では、オルソパントモと呼ばれるレントゲン写真やCT、MRI、骨シンチといった画像検査が行われます。また、血液検査を行い炎症の程度を評価することもあります。
病変部から膿が流出している場合には、原因となっている菌を同定するために細菌検査を行い、抗菌薬に対しての効き具合を評価する薬剤感受性検査を行います。
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