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ニパウイルスの診断は、主に抗体価、ウイルス遺伝子の検出(PCR)で行われます。抗体価はウイルスに対する抗体が産生されたのを血液検査で測定します。髄液などの検体からウイルス遺伝子をPCRによって検出します。
その他、血液検査で肝逸脱酵素の上昇、髄液での白血球の増加がみられることがあります。脳炎の診断では、MRIなどの画像検査、脳波検査などを行います。
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