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無症状のまま経過することもありますが、嚢胞の発生部位や大きさなどによっては症状がみられることもあります。
たとえば、首に発生した場合、しこりを触れることがあります(正中頸嚢胞、側頸嚢胞、鰓嚢胞(さいのうほう)など)。嚢胞が大きくなると、飲み込みや呼吸に支障を来すこともあります。感染症を併発した場合には、発赤や痛み、膿の排泄を認めることもあります。一部の嚢胞はがん化することもあります。
また、嚢胞が気管支や肺に生じた場合には、呼吸障害などが生じる可能性があります。
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