病状の進行により亜急性硬化性全脳炎が疑われるようになります。実際に亜急性硬化性全脳炎を診断するには、血液や髄液を用いて麻疹に対する抗体が上昇していることを確認することが重要です。また、脳波検査で周期性同期性放電と呼ばれる特徴的な所見をみることもあります。その他、頭部CTやMRIを行い、大脳皮質における形態学的な変化を検索します。脳の生検検査や、変異した麻疹ウイルスの遺伝子を特定する検査が行われることもあります。
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亜急性硬化性全脳炎