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偽膜性腸炎では、原因となっている薬剤を可能な限り中止します。また、Clostridium difficileに対する抗生物質として、内服薬であるメトロニダゾール、バンコマイシン、フィダキソマイシンが使用されることもあります。
重症例には、両者が併用されたり、バンコマイシンが注腸されたりすることがあります。また、巨大結腸症や穿孔(せんこう)をきたした場合には手術が行われることもあります。
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