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ブドウ球菌食中毒では、食品の中で増殖したエンテロトキシンの摂取から30分~6時間後に、非常に強い吐き気や嘔吐、腹痛、下痢といった胃腸炎症状が急激に生じます。発熱はあまりみられません。一般的には1~2日程度で自然に回復することが多く、後遺症が現れたり命に関わったりすることはほとんどありませんが、繰り返す下痢や嘔吐により脱水状態となり、血圧低下などの重篤な症状を引き起こすケースもあります。
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ブドウ球菌食中毒