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反復性耳下腺炎は、免疫が弱っているときに、口の中の常在菌が耳下腺に移行し、発症すると考えられていますが、明らかな原因は特定されていません(2018年12月時点)。感染症やアレルギー、遺伝学的要因、耳下腺の構造的な異常などが発症に関わるとも推定されています。また、シェーグレン症候群を代表とする自己免疫疾患との関連性も指摘されています。
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反復性耳下腺炎