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発症機序は不明ですが、原因としてビタミンの欠乏、ホルモンの変調、胃腸障害、自律神経失調など、誘因として歯の鋭縁(えいえん:とがっていること)、義歯や補綴物の不正、歯石、食物中の異物、刺激物、誤って咬むなどが挙げられます。
外来刺激または新陳代謝の低下などにより口腔粘膜の表面にわずかな傷が生じたところから細菌が繁殖すると、アフタ性口内炎になるとも考えられています。
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