日本紅斑熱の主な治療方法は抗菌薬による薬物療法です。第1選択薬としてテトラサイクリン系の抗菌薬を使用します。また、ニューキノロン系の抗菌薬の有効性も報告されています。治療が遅れると重症化する可能性があるため、確定診断を待たずに治療を開始することもあります。
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