膵神経内分泌腫瘍の原因は、現在のところわかっていません。
また、遺伝性疾患のMEN-1などに伴って起こる膵神経内分泌腫瘍は、遺伝により発症することもあります。ただし、遺伝により起こる膵神経内分泌腫瘍は全体の一部であり、ほとんどの神経内分泌腫瘍は遺伝しません。
なお、すい臓がんなどのリスク因子として知られている過度の飲酒や喫煙と、膵神経内分泌腫瘍との明らかな相関関係は認められなかったという報告があります。
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