発症の原因はまだ不明な点が多いですが、体幹などの非露出部ではヒ素が関与し、指先や陰部などにおいてはヒトパピローマウイルス感染が関与していると考えられています。
ヒトパピローマウイルスは性的接触のある女性の50%以上が一生で一度は感染するといわれる身近なウイルスで、ボーエン病だけでなく、子宮頸(しきゅうけい)がん、腟がん、肛門(こうもん)がんなど多くのがんの発生や、男性の性感染症にも深く関わっています。
また、ヒ素は井戸水や農薬などに含まれ、長い期間摂取することでボーエン病を発症することがあります。
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