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先天異常症候群に対する根本的な治療方法は、基本的にはありません。そのため、生じている臓器障害に応じて、対症療法的な治療介入が行われます。
具体的には、心疾患に対しては、内服薬やカテーテル治療、手術療法などが行われます。けいれんがある際には、抗けいれん薬の使用や手術療法などが検討されます。発達の異常を伴う場合には、リハビリテーションや療育を治療に導入することも求められます。
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