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診断には皮疹の膿汁や組織の培養検査や、PCR法による遺伝子検査などを行うことで、非結核性抗酸菌を同定する必要があります。
水槽や温泉など感染原因となる環境が推測される場合には、そこから採取した水などを培養して菌の存在を確認することもあります。
また、皮膚結核や真菌症など他の皮膚疾患との鑑別を行うために、皮疹の組織を病理検査することが一般的です。
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皮膚非結核性抗酸菌症