診断は、糞便を用いておこなわれます。
便中に含まれる卵を顕微鏡下で観察することで鞭虫症の診断が可能です。ただし鞭虫症の症状は鞭虫の量によって大きく異なるため、軽度の場合は診断がつきにくいことがあり、注意が必要です。
直腸脱が起きている場合には、直腸鏡を用いて肉眼的に鞭虫の存在を確認することもあります。虫垂炎を発症している場合は、エコー検査やCTなどの画像検査、血液検査などが検討されます。また貧血を確認するために、血液検査を用いてヘモグロビンなどの測定を行います。
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