脳脊髄液減少症は原因が不明な場合もありますが、外傷や、病気の治療や検査などが原因の場合もあります。
外傷性の主な原因としては交通事故やスポーツによるけが、転倒、打撲、出産などが挙げられます。特に頭や背中、腰などに強い衝撃が生じた際は注意が必要です。
脊椎に関する手術をしたときや、検査や薬剤の注入のために腰の髄液腔に針を刺したとき(腰椎穿刺(ようついせんし))などで生じる可能性があります。また、整体治療などをきっかけに発症する場合もあります。
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