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サル痘が疑われる場合、発疹内にたまった水や膿、かさぶた、血液などを採取して遺伝子検査などを行い、サル痘ウイルスに感染しているかどうかを確認します。感染が確認された場合、サル痘と診断されます。
また、サル痘の症状は水痘(すいとう)(水ぼうそう)や麻疹(ましん)、梅毒、天然痘などさまざまな病気に似ている場合があるため、医療機関ではこれらの病気との区別を重視したうえで検査を行います。
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