炎症性腸疾患の明確な発症メカニズムは現時点では解明されていません(2020年11月時点)。
しかしながら、炎症性腸疾患のうち、潰瘍性大腸炎は免疫機能の異常や食生活の乱れが原因であるとも考えられており、遺伝との関連も指摘されています。また、クローン病は腸内に流れ込んだ飲食物の成分や腸内細菌などによって免疫のはたらきが過剰になること、何らかの感染症、腸に血液を送る細かい血管の異常などさまざまな説が挙げられていますが、潰瘍性大腸炎と同じく遺伝との関連が指摘されています。
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